教育部与郑州大学合作的项目主要包括：
- 国家级重点学科支持计划：教育部每年会对一批高水平大学的重点学科给予支持，郑州大学在医学、工程学等领域拥有国家级重点学科。
- 985工程：郑州大学作为教育部“985工程”重点支持的学校之一，享有教育部的大力支持，通过该项目提升学校在科研和教学方面的实力。
- 211工程：郑州大学也是教育部“211工程”重点支持的学校，该项目旨在提高部分中国高校的研究生培养水平，提升学校整体实力。
- 国际交流项目：教育部通过各种项目与郑州大学开展国际学术交流，支持学校与国外高水平大学的合作办学、学生交换等活动。
这些合作项目为郑州大学的发展提供了重要支持，也为学校师生的学术交流和成长提供了更多机会。